Secondo il Manuale per la gestione dei flussi documentali del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca del 2018, la segnatura di protocollo serve per:
| individuare ciascun documento in modo inequivocabile | |
| comunicare all'Amministrazione la ricezione di ciascun documento | |
| apporre alla copia del documento le informazioni riguardanti il documento stesso | |
| permettere la modifica in via informatica di ciascun documento |